交叉污染是指在食品的生產加工及銷售過程中，由于設備布局及工藝流程不合理，前工序食品的原料、半成品通過食品加工器械、容器及食品加工人員污染了后工序的半成品和成品。
在一定條件下，被污染的食品有害細菌會大量繁殖增長，人一旦食用了含有這種細菌的食品就可能造成食物中毒或其他食源性疾病的發生。
1、不同清潔作業區的人員不得相互串崗，只能從高清潔區到 低清潔區；不同清潔區所有的工器具不能交叉使用；加工工藝流程的設備不能造成交叉污染。
2、物流流向要按工藝流程圖。
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3、原料、輔料、半成品、成品在加工、包裝、貯存的過程中 要嚴格分離，防止原料、污染物與成品一起堆放，造成交叉污染。
4、車間廢水排放應按清潔區 → 一般作業區 → 污水處理的流程排放，并且廢水直接排入水溝中，不能造成地面積水。
5、加工用水的水龍頭的水管不能直接接觸地面，不用時應將水龍頭放在水管架上。水龍頭不能進入低于水邊緣的水槽中。直接用于洗滌的軟水管，使用完畢應卷起離地面放置。沖洗地面、墻壁或設備時，防止污水溢濺污染食品及食品接觸面。
6、車間不得堆放與生產加工無關的物品，不得同時加工不同類別的產品。
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7.、車間內的廢棄物投入專用廢棄物箱中，加以標識，及時處理。
8、食品的接觸器具的使用是專人專用，半成品筐等要專筐專用。
9、低風險區和高風險區的器具不得交叉使用。
10、食品接觸的器具、設備表面被廢水、污物等污染時或碰到了地面及其他不衛生物品時，必須立即清洗和消毒。
11、用于生產、加工、調配包裝等設施與器具使用前應確 認其已被清潔消毒。
12、已清洗過的設備和器具應避免再受污染，食品容器必 須放置離地面10厘米以上。
13、內包裝不允許直接接觸地面，應放置在潔凈、干燥的 倉庫內、地面要求加放墊板。
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14、低風險區的原料處理不得放在高風險區處理。
15、未加工的原料和已加工的成品必須分開存放。
16、嚴格區分和標識原料、成品的不合格品和合格品。
17、加工過程中的廢料及時進行清理。
18、加工車間的垃圾存放點放置于出口處，加工間廢棄物 一天最少清理一次。
19、加工間廢棄物和生活垃圾應當日清理出廠區，不得回收。存放點須定期清理、消毒和殺蟲滅鼠。
20、垃圾存放點不得露空，應有蓋。
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